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个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理税费后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。合理税费是指股权转让过程中按照规定支付的有关税费。股权投资成本的扣除区分以下七种情形：
一、以货币性资金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。以货币性资金出资方式取得股权最为常见，包括以货币性资金投资入股或货币性资金受让的股权，均应当按照实际支付的价款和取得股权时缴纳的合理税费作为股权原值进行扣除。
应当注意：一是以货币资金投资入股，在投资未到位前发生的股权转让，其投资成本按照实际出资额确定。二是原始股东的股权原值是通过被投资企业账面体现，一般反映在“实收资本”和“资本公积(股本溢价)”科目。也就是说，以货币出资，投资成本并非仅指计入实收资本部分，还应当包括计入资本公积的部分，都属于股东所有者权益。股权原值还应当包括个人缴纳的合理税费。三是非原始股东的股权原值并不通过被投资企业账面体现，其股权原值的合法凭据为双方所签订的股权转让协议以及实际支付的价款等。
举例：张三将持有的A公司的股权转让给李四，股权转让价为1000万元，股权转让缴纳印花税5000元。则李四再次转让股权时，允许扣除的股权原值为1000.5万元。
二、以非货币性资产出资方式的股权原值扣除应当区分情况。一般来说，个人以非货币性资产投资(不包括符合递延纳税条件的技术成果投资)的，其“投资额”按照投资时非货币性资产经评估后的公允价值确认。这是因为《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税〔2015〕41号)规定：个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。以非货币性资产投资，在投资环节缴纳个人所得税，相应转让股权时，应当按照投资时非货币性资产经评估的公允价值确认“投资额”。但财税〔2015〕41号出台之前，个人以非货币性资产投资行为相关个人所得税政策也经历了一系列演变。如《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》(国税函〔2005〕319号)规定，对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税;在投资收回、转让或清算股权时如有所得，再按规定征收个人所得税，其财产原值为资产评估前的价值。该文件现已作废。因此，在投资时未按照规定计征个人所得税的，股权原值按照非货币性资产原值以及在非货币性资产投资过程中发生的与资产转移相关的税金及合理税费确认。
个人以技术投资入股选择递延纳税的，股权原值扣除有所区别。按照《财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税问题的通知》(财税〔2016〕101号)规定，个人以技术成果投资入股到境内居民企业，被投资企业支付的对价全部为股票(权)，选择适用递延纳税优惠政策。选择技术成果投资入股递延纳税政策的，经向主管税务机关备案，投资入股当期可暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税。
三、通过无偿让渡方式取得股权，区分两种情形分别确认股权原值：一是无偿让渡给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人转让股权时，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值。之所以要追索到原持有人股权原值，这是因为在股权无偿让渡时，赠与人并未缴纳个人所得税，该所得是在本次转让时实现，并且该所得是由转让人取得，所以，扣除股权原值应当按照原持有人股权原值确认。二是不属于上述关系无偿让渡的股权再转让，按照无偿让渡时股权的公允价值和取得股权时缴纳的合理税费作为股权原值进行扣除。虽然同属于无偿让渡，虽然赠与人并未取得任何收入，但不属于上述关系无偿让渡属于价格明显偏低而无正当理由的情形，因为，在无偿让渡时，税务机关将以无偿让渡时股权的公允价值确认股权转让收入，计算赠与人股权转让所得个人所得税。所以，受赠人再转让该股权时，应当按照无偿让渡时股权的公允价值和取得股权时缴纳的合理税费作为股权原值进行扣除。
四、被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。根据《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》(国税函〔1998〕289号)第二条规定：“《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发〔1997〕198号)中所表述的‘资本公积金’是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。”资本公积转增资本,除由上市公司股票上市时形的股票溢价,无需交个税外,其他以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，在转增环节视同分配、再投资，需要交纳税个人所得税。所以，资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值，反之没有缴纳个人所得税的，应当相应从股权原值中扣除。
举例：自然人以现金500万投资一家股份制公司，该公司按照股权比例分别入股本10万和资本公积490万。之后，该公司将资本公积转增股本，该自然人未就资本公积转增资本200万缴纳个人所得税。该公司后期被上市公司收购，该自然人将获得股权予以转让。计算应扣除的投资成本为500万元，而不能按照700万扣除，理由是资本公积转增股本未交个人所得税。
五、量化资产给个人的股份。根据《国家税务总局关于促进科技成果转化有关个人所得税问题的通知》(国税发〔1999〕125号)的规定，科研机构、高等学校转化职务科技成果以股份或出资比例等股权形式给予科技人员个人奖励，经主管税务机关审核后，暂不征收个人所得税;获奖人转让股权、出资比例，对其所得按“财产转让所得”应税项目征收个人所得税，财产原值为零。根据《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》(国税发〔2000〕60号)的规定，对职工个人以股份形式取得的仅作为分红依据、不拥有所有权的企业量化资产，不征收个人所得税;对职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税;待个人将股份转让时，就其转让收入额，减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计征个人所得税。
六、股权激励方式取得股权成本的确认。根据《财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税问题的通知》(财税〔2016〕101号)的规定，递延纳税政策的非上市公司股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励，股票(权)期权取得成本按行权价确定，限制性股票取得成本按实际出资额确定，股权奖励取得成本为零。
七、除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。按照上述方法确定股权原值需要个人股东提供完整、准确的股权原值凭证，未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。对于股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权原值确定。
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