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房地产企业三大税种的计算和缴纳，因为都采用了预缴的方式(企业所得税不是预缴概念，这里姑且称之)，因此同一税种不同阶段有不同的缴纳方式，同一阶段三大税种也各不相同，且实务中存在许多争议点。让我们从最繁琐的土地增值税说起。
土地增值税暂行条例：“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”条例虽然说：预征土地增值税的截止时点为项目竣工结算前，但实际操作中，土增税的预缴时点远比这个时点要晚，一直要晚到土地增值税的清算为止。所以讨论土地增值税的缴纳，我们可从清算申报日前、清算期间(申报日至清算结果出来)、清算后三个时间段来讨论。
一、清算申报日前
清算申报日前，按当地规定比例预缴土增税，这是非常明确的。容易争论的无非是国税2016年70号公告规定的预缴基数的问题，这里不作讨论。有一个风险点要提示，实务中有些房开企业按70号文件“预收款-应预缴增值税税款”的计缴方式养成了习惯，一直到销售现房、交房开票时，还在按这种模式预缴土地增值税。一边增值税已按销项减进项在正常缴纳、一边还在还按70号文件的公式作预缴依据，多预缴了不少的土地增值税。
二、清算期间的土地增值税缴纳
清算申报日到清算审核结果出来，中间至少间隔几个月的时间。这段时间如何进行土增税的申报缴纳?全国没有统一的规定，只能按各省的口径来执行。通常的做法有：
1、继续按预征率预缴，等清算结果出来后，再按清算结果多退少补。有部份地方为减少退税频率，规定普通住宅如清算申报时符合免税条件，对清算期间的普通住宅销售停止预缴土地增值税。
2、按清算申报时成本进行“模拟扣除”缴纳。如有些地方规定：清算期间，按三分法分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。其扣除项目金额按申报时的单位建筑面积扣除项目金额乘以销售或转让面积计算。等清算审核结论出来后，再根据重新确定的单位建筑面积扣除项目金额，办理税款补退手续。
无论采用何种方法，等清算结果出来后，都应该有一个多退少补的动作。
三、清算后销售尾盘申报缴纳
清算后销售尾盘的申报缴纳，按国税发[2006]187号文件规定：“在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。”因此，尾盘的土增税缴纳，大的规则是明确的。不明确或有争议地方主要有：
1、税金的扣除。这点其实也都比较明确了，尾盘的销售扣除尾盘对应的税金，且比清算时的税金更容易对应。但存在多项目开发情况下，要正确对应尾盘税金，也不是件容易事情，如何解决这种不对应，是个政策上盲点。
2、是否支持二次清算。二次清算是个小概率事件，没必要做深入讨论。个别地方规定，对清算时未取得发票或清算时未支付款项等原因，造成清算多缴税款的，允许3年内申请退还多缴税款。这种方法既解决了二次清算的繁琐以及多次清算如何保持前后一致问题，某种程度上功效又等同于二次清算，不失为一种务实的解决方法。
3、后续取得发票能否扣除的问题。部份地方出台了政策，规定清算后取得的发票，可以按比例追加到尾盘的开发成本中去(但不能追加到已清算的成本中)，但由于尾盘所占比例太小，也无多少实质意义。
4、纳税时点问题。土地增值税预缴，一般“收到钱就缴税”，一套房可能有多次预缴。但销售尾盘的土增税，一定是按一套房一套房来计算缴纳的，在不同收款模式下，什么时候确认土增税收入并产生纳税义务是个问题。合同签订日?合同约定收款时间?实际收到钱?开票?交房?政策对此规定的比较模糊，实务中好多纳税人采取了最简单“开票就申报”方式。XX地方的规定比较具体且科学，值得借鉴：
1、采取一次性全额收款或分期收款方式销售开发产品的，于实际收讫首笔价款或取得索取营业收入款项凭据的当天确认收入的实现，并按照合同约定的总价款确定销售收入。
2、采取银行按揭方式销售开发产品的，于销售合同或协议约定收取首付款之日确认收入的实现，并按合同约定的总价款确定销售收入。
3、采取委托方式销售开发产品的，按以下原则确认收入的实现......
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