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发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。那么企业保管不善丢失已开具的发票会带来哪些处罚及后果呢?税务上如何处理?
答：企业丢失已开具的发票，首先应当于发现丢失当日书面报告税务机关，或者在电子税务局上搜索发票遗失，填写发票遗失、毁损报告。由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款;情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款;有违法所得的予以没收。但当事人一年内首次实施法律、法规、规章规定可以给予行政处罚的违法行为，并在税务机关发现前主动改正的或者在税务机关责令限期改正的期限内改正的，不予行政处罚。其次在纳税信誉等级的评定中也会影响企业的纳税信誉等级。
实务中我们会发现，有的企业会要求销售方重新开具发票。由于发票相关联次已丢失，无法提供全部联次，根据税收政策规定，既不能作废发票也不能跨月红冲，此时销售方重新开具的话，不但违反了发票使用的有关规定，也违背了交易的真实性，造成虚开增值税发票。这样肯定是不可取的。那么我们应该怎样正确操作呢?
第一种情形：丢失已开具的增值税专用发票(含机动车销售统一发票，下同)相关联次：
只丢失抵扣联，此时缺少抵扣凭证和退税凭证，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证留存备查，或作为退税凭证递交出口退税部门申请退税。
只丢失发票联，此时缺少入账的凭证依据，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。
如果同时丢失发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
第二种情况：丢失已开具的增值税普通发票相关联次：
如果丢失的是增值税普通发票，可凭加盖销售方公章的证明及相应发票记账联复印件，作为记账凭证。
在企业所得税税前扣除时，企业需取得税前扣除凭证证明其支出的真实性、合理性、合法性，并作为计算企业所得税应纳税所得额时扣除相关支出的依据。发票属于税前扣除凭证的外部凭证之一。外部凭证是指从其他单位、个人取得的用于证明其支出发生的凭证，包括但不限于(包括纸质发票和电子发票)、财政票据、完税凭证、收款凭证、分割单等。由此可见，发票并不是企业所得税扣除的唯一合法凭证，在即使能够提供发票的情况下，其他证明支出真实性的凭证也是必须的。在发票丢失的情况下，其他凭证的完整齐全将会影响企业所得税扣除的效果。
因此，如果丢失了相关发票的发票联次，建议按上述要求及时取得合法有效的复印件作为记账凭证，同时准备充分的其他外部凭证，证明支出的真实性、合理性、合法性，既符合财务核算的规范要求，又符合增值税和企业所得税相关税收管理的规定。
文件依据：
1、《江苏省国家税务局纳税信誉等级评定管理暂行办法》第二章第七条第六点
2、《中华人民共和国发票管理办法实施细则》(国家税务总局令第25号)第三十一条(注：本法规自2019年7月24日起删除第三十一条中的“并登报声明作废”。)
3、《国务院关于修改<中华人民共和国发票管理办法>的决定》（中华人民共和国国务院令第587号）第十六条
4、《国家税务总局江苏省税务局关于发布<江苏省税务行政处罚裁量权实施办法>的公告》(国家税务总局江苏省税务局公告2018年第11号)第七条
5、《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》(国家税务总局公告2020年第1号)第四条
6、《财政部关于修改<代理记账管理办法>等2部部门规章的决定》（中华人民共和国财政部令第98号）第五十五条
7、《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》(国家税务总局公告2018年第28号)
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