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高新技术企业资料留存备查
高新技术企业获得资格后，企业享受税收优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”办理方式。享受税收优惠的高新技术企业，每年汇算清缴时妥善保管以下资料留存备查：
高新技术企业资格证书；高新技术企业认定资料；知识产权相关材料；年度主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明，高新技术产品（服务）及对应收入资料；年度职工和科技人员情况证明材料；当年和前两个会计年度研发费用总额及占同期销售收入比例、研发费用管理资料以及研发费用辅助账，研发费用结构明细表（具体格式见《高新技术企业认定管理工作指引》附件2）；省税务机关规定的其他资料。
备查资料时间涵盖要求
企业拿到高新技术资格证书后的三年也不是一劳永逸的，还需要做好后续的管理工作。一般来说，对于企业所得税汇算清缴，税务部门很少直接发起复核，反而是科技部门、环保部门、安监部门、财政部门审计等部门的例行抽检比较容易发现问题。从某省2019年抽检情况来看，出现的问题主要集中在科技人员、研发费用、高新收入、知识产权取得时间等方面：不少企业过去三年纳税申报表未体现研发费；组织的现场抽查答辩通过率非常低；系统排查的知识产权当中，筛选出若干企业的知识产权有重复使用情况……
此处对复核发起和重新认定的时间点要明确一下。高新技术企业通常在期满当年提出重新认定申请，但也不绝对，有些企业可能在资格期满不满足认定要求，待以后年度符合条件后，才申请重新认定。相比重新认定，复核的时间点比较随机和不确定性：有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，会以书面形式提请认定机构复核，这个复核触发时间有可能在高新技术企业资格有效期内，也有可能在高新技术企业资格期期满之后，甚至有可能在重新认定高新技术企业资格之后。
因此，不管是为以后重新认定亦或是应付相关部门日常管理，企业需要密切关注获得资格年度开始连续三年滚动的相关备查资料数据质量。
备查资料质量要求
国科发火[2016]32号和国科发火[2016]195号既是企业认定（重新认定）标准，又是维持标准，下面逐条分析：
（一）科技人员
企业职工和科技人员情况说明材料，包括在职、兼职和临时聘用人员人数、人员学历结构、科技人员名单及其工作岗位明细、企业职工人数情况表和上年度年末社保缴纳人数证明材料。
有些地区，比如广东不仅要求认定企业附具每季度末的企业人员情况资料，个人所得税缴纳人数汇总数截图或社保缴纳人数证明材料（只需汇总数，加盖企业公章），还需提供该企业科技人员名单及其工作岗位等。科技人员的具体要求需咨询当地科技部门。
（二）知识产权方面
一般来说，认定要求有一件以上I类知识产权，5件以上II知识产权。实务中这个程度仅仅只能算达标。以发明来说，发明专利的授权周期比较长，从受理、初步审查、公布、实质审查到授权，经历两、三年是很正常的事情。对于申请发明专利较多的企业，高企认定要事先做好知识产权方面的规划。
获得专利的企业，年费是在申请日前缴纳，专利权人未按时缴纳授予专利权当年、以后的年费或者缴纳的数额不足的，应自缴纳年费期满之日起至六个月内补缴，同时缴纳滞纳金。缴费时间超过专利申请日不足一个月的，没有滞纳金，超过规定缴费时间一个月的，每多超出一个月，加收当年全额年费的5%作为滞纳金。如果6个月内还没有缴纳国家局会发出专利权终止通知书，除非有不可抗力事由（自障碍消除之日起2个月内，最迟自期限届满之日起2年内），该专利必须在2个月内缴纳恢复专利权费和补交专利年费及当年全额年费的25%滞纳金；如果这两个月还没办理的话，专利权就不能恢复了。维持期间想要放弃专利的企业要确认该专利是否真的不需要，如果放弃会否对重新认定或者例行检查造成影响。
知识产权有多个权属人时，需提供其他权属人同意该企业使用本知识产权申报高新技术企业的声明，所有权属人需加盖公章。
等等。
（三）研究开发活动材料
企业应根据《高新技术企业认定申请书》中每个RD项目不同的完成时间提供相对应的研发投入佐证材料。
高企政策没有强制性规定申报企业的研发项目必须获得政府立项，研发项目认定是采取“企业归集、专家判定”的原则，但为了增强企业研发项目的可信度，建议企业积极申报各级政府科技项目立项，可运用政府立项红头文件来佐证自己的研发活动。
企业须提供“项目名称+项目组成员”汇总表并盖企业公章。
等等。
（四）科技成果转化
数量成果转化最好达到每年5年以上。虽然这个已经是A等级，考虑到认定过程当中，技术专家会对成果转化的质量提出质疑，适当提高数量是目前实务界普遍认可的做法。
科技成果可以不在申请认定期间，成果转化的一定要在这个期间。以产品研发周期来说，比如2020年提出重新认定，认定期间是2017年—2019年，一般认为最后半年是产品小试、中试时间。所以，这阶段要注意成果形成、转化的期间分布勾稽性，从19年下半年开始发生的支出很大程度需要计入资本化支出，并结转无形资产；否则，会影响高新产品形成，成果转化质量也会大打折扣。
企业近三年科技成果转化总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明材料及相关佐证材料。科技成果、转化形式、企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标需要附具具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料。
等等。
（五）企业高新技术产品（服务）材料
以生产产品使用的技术领域作为判定为高新技术产品（服务）的依据及理由，同时，需要对产品附具说明资料：
1．关于高新技术产品的说明。
2．企业可以提供高新产品证书，相关专利证书或者是大额发票等。
3．为增强高新产品可信度，建议企业可参加当地高新技术产品认定，通过获得高新技术产品证书来作为高新产品的权威佐证。
等等。
（六）研发活动管理水平
研发活动管理水平其实是一个综合项目，企业可参照以下方面进行资料整理：
制定了企业研究开发的组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助账；
设立了内部科学技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式产学研合作；
建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台；
建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度。
（七）检查部门要求的其他资料。
有关研发加计、高新口径和申报表数据的实务问题
学术界对研发费用分为会计口径、研发费用加计扣以及高企认定口径。然而，实务评定当中普遍认为，年度会计报表中的研发费用合计金额、高企申报的《年度研发费用结构明细表》研发费合计金额、企业所得税申报的《研发费用加计扣除明细表》“年度研发费用小计”金额，三者之间存在基本一致的基础——这其实是一种理想状态。理论为指导实践存在，企业在确保符合高新比例的基础上，可简化处理，尽量实现加计数额、高新研发费用数额与纳税申报表、财务审计报告列示的数据一致。
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